DebianでのApache2設定は/etc/apache2/以下に入っている.
全体の設定はapache2.confに.
使用ポートの設定は,ports.confに.
Virtual Hostごとの設定はsites-available/に入れて,そのうち使用するものについてシンボリックリンクをsites-enabled/に置く.
モジュールはmods-available/に入っていて,そのうち使用するもののシンボリックリンクをmods-enablesd/に置く.
httpd.confとconf.d/の使い道はいまのところ不明.
sitesやmodsについては手作業でシンボリックリンクを置いてもいいが,a2enmod, a2ensiteで設定することができるのでこちらを使うのがベスト.取り除くときはa2dismod, a2dissiteを使う.