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現状sidではiiimf-client-elが標準になっているし，先々にも使えるように新しい情報に書き直します．
この記事の下の方に古い情報がありますが，昔はこんなだったんだと読み飛ばして下さい．

まずatok-backportsから，iiimf-client-el，iiimf-client-el-binをインストールする．

atok-backportsは/etc/apt/sources.listに以下を追加すればよい．

deb http://www.da-cha.jp/debian/dists/etch ./
deb-src http://www.da-cha.jp/debian ./

以下の内容を.emacsに設定する

;; atokx2 with iiimf-client-el
(setq iiimcf-server-control-default-language "ja")
(setq iiimcf-server-control-default-input-method "atokx2")
(setq default-input-method 'iiim-server-control)

C-\を入力して，emacsの左下に「あ連Ｒ漢」と表示されるようになれば成功．

将来的にatokx3にアップグレードするつもりなら，iiimecfのページから，最新版をダウンロードしてインストールしてもいいかも．

−−−−−　以下，古い情報 −−−−−

まずatok for linux (atokx2)はiiimfを使っているので，iiimfのemacs client framework (iiimecf)をインストールする

# apt-get install iiimecf

その上で.emacsに以下を設定

;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;; 漢字変換 (atokx) の設定
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
(setq emacs-ime "atokx")
(if (or (equal emacs-ime "atokx2")
        (equal emacs-ime "atokx")
        (equal emacs-ime "atok")
        )
    (progn
      (require 'un-define)
      (setq coding-category-utf-8 'utf-8)
      (setq iiimcf-server-control-hostlist '("localhost"))
      (setq iiimcf-server-control-default-language "ja")
      (setq current-input-method 'iiim-server-control)
      (setq default-input-method 'iiim-server-control)
      (require 'iiimcf-sc)
      (define-key global-map "\C-o" 'toggle-input-method)
      (setcar default-mode-line-format "")
    )
)

ctrl+oでの入力切り替えは嫌いなんだけどなぁ……．どこに設定したもんだか．

それよりもatokx3がemacsで使えない方が問題．

参考ページ

• http://idm.s9.xrea.com/ratio/2005/12/24/000322.html
• http://penguin.tantin.jp/unstable/index.php?ATOKX